Los programas de seguimiento son una herramienta básica para la gestión de las aguas, y deben proporcionar la información necesaria para evaluar la efectividad de las medidas adoptadas y el grado de cumplimiento de los objetivos marcados. Su diseño debe permitir, entre otros, conocer el estado de las aguas; identificar la salud de los ecosistemas acuáticos atendiendo a su sostenibilidad, riqueza y biodiversidad; determinar el grado de contaminación de las aguas; valorar las consecuencias de la emisión de contaminantes procedentes de fuentes de contaminación puntual y difusa; evitar o reducir el deterioro producido por la presencia de sustancias prioritarias; evaluar el efecto de las alteraciones hidromorfológicas; etc. Asimismo, la implantación de los programas de seguimiento es esencial para vigilar la calidad de las aguas que están destinadas a determinados usos, en particular las utilizadas para el abastecimiento de poblaciones.
El Real Decreto 817/2015, de 11 de septiembre, por el que se establecen los criterios de seguimiento y evaluación del estado de las aguas superficiales y las normas de calidad ambiental establece los requisitos que deben cumplir los programas de control de las aguas superficiales. El Real Decreto 1514/2009, de 2 de octubre, por el que se regula la protección de las aguas subterráneas contra la contaminación y el deterioro, fija los criterios para el seguimiento del estado químico de las aguas subterráneas. Finalmente, los criterios mínimos para el seguimiento del estado cuantitativo de las aguas subterráneas se establecen en el Anexo V.2 de la Directiva Marco del Agua.
Con carácter general los programas de seguimiento pueden ser de vigilancia, operativo o de investigación y se complementan con un control adicional en las zonas protegidas. El diseño del programa debe incluir, al menos, las estaciones de muestreo, los elementos de calidad a muestrear, los índices o indicadores a calcular y las frecuencias de control. Estas variables vienen condicionadas por el tipo y objetivos del programa. Por ejemplo, el control de los nitratos en una estación del programa de seguimiento de nitratos de fuentes agrarias es distintos al realizado para la vigilancia del estado ecológico, etc.
Es preciso garantizar la calidad y comparabilidad de los métodos empleados el seguimiento del estado y calidad de las aguas. Por ello, esta Dirección del Agua aprueba protocolos oficiales de muestreo, análisis en laboratorio y cálculo de indicadores. Así mismo, los métodos de análisis, deben validarse y documentarse de conformidad con la norma EN ISO/IEC-17025 u otras normas equivalentes aceptadas internacionalmente. Toda esta documentación se actualiza periódicamente para adaptarla a lo dispuesto en la normativa de la Unión Europea y al conocimiento científico y técnico.