De acuerdo con la Ley del Plan Hidrológico Nacional, la competencia de la declaración de estas reservas en las cuencas hidrográficas intercomunitarias (aquellas cuya superficie se extiende por el territorio de más de una Comunidad Autónomas) corresponde al Consejo de Ministros, a propuesta del Ministerio de Medio Ambiente, previo informe de las comunidades autónomas afectadas; mientras que en las cuencas intracomunitarias (aquéllas que están comprendidas íntegramente dentro del ámbito territorial de una Comunidad Autónoma) el establecimiento de las reservas corresponderá a las Comunidades Autónomas con competencias en las mismas.
El marco regulatorio de referencia de las reservas hidrológicas ha sido establecido por el Real Decreto 638/2016, de 9 de diciembre, por el que se modifica el Reglamento del Dominio Público Hidráulico (RDPH) aprobado por el Real Decreto 849/1986, de 11 de abril, el Reglamento de Planificación Hidrológica, aprobado por el Real Decreto 907/2007, de 6 de julio, y otros reglamentos en materia de gestión de riesgos de inundación, caudales ecológicos, reservas hidrológicas y vertidos de aguas residuales. Asimismo, las reservas hidrológicas se incluyen en los Planes hidrológicos de cada demarcación estableciendo las medidas de gestión adecuadas para su protección.
Las reservas hidrológicas se clasifican en tres grupos: