CITES ha establecido una red mundial de controles del comercio internacional de especies silvestres amenazadas y de sus productos, imponiendo la utilización de permisos oficiales para este comercio. El sistema que establece la convención consiste, en esencia, en la obtención de permisos de exportación en el país de origen y de importación en el de destino, así como en la extensión de certificaciones para las excepciones previstas en el convenio, de forma que toda mercancía objeto de comercio exterior se encuentre perfectamente documentada y se conozca su origen, su destino y el fin por el que es objeto de comercio. Para la aplicación de este sistema el convenio, en su artículo IX, contempla la designación de Autoridades Administrativas y Científicas por cada parte contratante. Así, cada parte en la convención debe designar una o más Autoridades Administrativas que se encargan de administrar el sistema de concesión de licencias y una o más Autoridades Científicas para prestar asesoramiento acerca de los efectos del comercio sobre la situación de las especies.
Sólo podrá importarse o exportarse (o reexportarse) un espécimen de una especie incluida en los Apéndices de CITES si se ha obtenido el documento apropiado y se ha presentado al despacho de aduanas en un puerto de entrada o salida. Aunque los requisitos pueden variar de un país a otro y cualquier importador o exportador debería consultar las legislaciones nacionales, a continuación se exponen las condiciones más importantes que se aplican para los especímenes incluidos en cada uno de los Apéndices.