O morcego grande de ferradura unicamente se detectou no arquipélago de Ons. Está cualificado como Vulnerable (VU) na Península Ibérica e En Perigo (EN) de extinción en Baleares. Outras especies de morcegos presentes no Parque son o morcego común ((Pipisptrellus pipistrellus) e o morcego das hortas (Eptesicus serotinus).