Os arquipélagos de Cortegada, Sálvora, Ons e Cíes que forman o Parque Nacional Marítimo Terrestre das Illas Atlánticas de Galicia, e a contrastada paisaxe verde azulada que os caracteriza, están, polo feito mero de seren illas, fortemente influenciados e ligados ao mar. Neste contexto, é doado entender que o valor ecolóxico do medio mariño sexa incalculable, e que entre as súas augas se conserven algúns dos exemplos máis representativos de ecosistemas mariños atlánticos, os cales atesouran unha gran riqueza biolóxica.
O medio mariño do Parque é un mosaico de hábitats distintos que sustentan unha extraordinaria diversidade de especies de flora e fauna. Son importantes comunidades como os bosques de algas pardas (Saccorhiza polyschides e Laminaria spp.) ou as asociadas a fondos como os de Mäerl, e tamén atopamos hábitats definidos como de interese comunitario ou prioritarios dentro da Directiva Hábitats da Unión Europea, como os arrecifes, lagoas, ou bancos de area cubertos permanentemente por auga mariña pouco profundos.
O estado de conservación destes ecosistemas mariños é en xeral bo, aínda que son susceptibles de verse danados por algunhas actividades humanas, como no caso da contaminación por hidrocarburos procedentes do tráfico marítimo ou por outros contaminantes procedentes da ría. Tamén existe risco de sobreexplotación de recursos pesqueiros e de uso de artes e técnicas de pesca daniñas para o medio mariño. O traballo do Parque Nacional para evitar que isto aconteza consiste en vixiar o cumprimento da normativa existente e en regular as actividades que se levan a cabo dentro do seu territorio para que se desenvolva de forma sostible, de forma que os ecosistemas naturais non se vexan afectados.
En canto ao medio terrestre, fortemente influenciado tamén pola proximidade do océano, destacan os sistemas dunares, os acantilados e as matogueiras de toxo e breixo. Tamén na parte emerxida das illas atopamos hábitats considerados como de interese comunitario ou prioritarios polas directivas europeas, como as dunas grises, as matogueiras litorais aerohalinas ou os breixos húmidos atlánticos meridionais.
O principal problema para a conservación deste medio foi a presión humana. Nas illas, sobre todo en Cíes, as plantacións de eucaliptos, piñeiros e acacias desprazaron en varias zonas a vexetación autóctona. A erradicación destas especies alóctonas é un proceso a moi longo prazo no que xa se está traballando, cuxos resultados se apreciarán de forma gradual.
A trepadura representa tamén un problema que afecta sobre todo á vexetación de praias e dunas, nas que a presión turística se deixa sentir especialmente, polo que se está actuando para que estas zonas de alto valor ecolóxico non resulten irreversiblemente danadas. Os cercados que rodean parte dos sistemas dunares que atopamos nas Illas Atlánticas responden a esta necesidade de protección destes fráxiles e valiosos ecosistemas.
Na actualidade estanse levando a cabo actuacións para desenvolver unha adecuada xestión do uso público, os residuos nas illas, a navegación e fondeo de embarcacións, a pesca e o marisqueo, etc. Todo isto debe ir unido a unha mellora do coñecemento científico sobre o medio que sirva de base para unha mellor xestión, polo que se están realizando estudos para dispoñer do maior número de datos posible sobre o medio natural e os aspectos culturais do Parque. O Plan Reitor de Uso e Xestión do Parque Nacional, que constitúe o principal instrumento de xestión, está en proceso de elaboración, e nun futuro tamén se elaborarán probablemente varios plans sectoriais que regulen aspectos máis concretos da xestión, como un plan de ordenación dos recursos mariños ou un plan de uso público.
Unha década despois do accidente do petroleiro Prestige en novembro de 2002, os resultados dos traballos científicos realizados nas zonas do Parque Nacional as Illas Atlánticas de Galicia afectadas pola vertedura, revelan que a maior parte das súas consecuencias negativas foron xa superadas. A principal repercusión aínda relacionada directamente co fuel é o descenso da poboación de corvo mariño moñudo, para o que se elaborou un plan de recuperación específico.
O Parque Nacional está adherido ao convenio internacional OSPAR sobre a conservación de ecosistemas mariños, a saúde humana e as áreas marítimas afectadas por contaminación grave. No apartado destinado ás aves mariñas incídese en que, malia a mortalidade detectada durante a marea negra, posteriormente, o fuel tivo un "efecto reducido" sobre a maior parte das aves mariñas invernantes, que mesmo aumentaron en número.