Aínda que ao seren illas e constituír unidades xeográficas distintas a historia de cada arquipélago presente as súas propias particularidades, todas elas pasaron por situacións similares por mor da súa relativa proximidade a por estar preto da costa. Así, foron ocupadas por distintas ordes monásticas durante a Idade Media, foron propiedade da Igrexa, aforadas a nobres da época, atacadas por invasores que as usaron como base das súas incursións na costa, nelas desenvolvéronse empresas de salgadoiro...
A protección dos valores naturais das illas comeza en 1980 cando o arquipélago das Illas Cíes é declarado Parque Natural. Posteriormente, en 1988, foille outorgado o título e zona ZEPA (Zona de Especial Protección para as Aves), que tamén se lle deu ao arquipélago de Ons en 2001. Cando se comezou a pensar na creación do primeiro Parque Nacional galego como representante dos sistemas ligados ás zonas costeiras e a plataforma continental da Rexión Eurosiberiana, pensouse en distintas áreas costeiras e insulares como as Illas Sisargas, Lobeiras, ou a Costa da Vela. Finalmente, foron os arquipélagos de Cíes, Ons, Sálvora e Cortegada os que foron declarados Parque Nacional Marítimo-Terrestre das Illas Atlánticas de Galicia na Lei 15/2002 do 1 de xullo e iniciaron así unha etapa conxunta na súa historia.
A continuación resúmese brevemente a historia de cada un dos arquipélagos:
As Cíes foron territorio de paso do home do Paleolítico e Neolítico, e non se chegou a constituír un asentamento ata a Idade do Bronce, de cando data o poboado de "As Hortas", situado na ladeira do Monte Faro, e que foi tamén ocupado durante a época romana. Os achados atopados infórmannos de que os seus habitantes xa incluían na súa alimentación mariscos e peixes de augas próximas, e de que probablemente tiñan relacións comerciais coa xente da costa.
Os romanos chamáronas Illas dos Deuses, e algúns autores sosteñen que Xulio César chegou a estar nelas perseguindo os pobos herminios que escapaban de Portugal.
Aínda que as invasións suevas foron coñecidas nestas augas, non quedan restos desa época. No século VI, coa proliferación das ordes relixiosas da Idade Medida, instaláronse nas Cíes dous conventos-ermidas: San Martiño na Illa Sur e San Estevo na Illa do Medio, sobre cuxas ruínas se construíu o actual Centro de Interpretación, onde aínda se pode observar un dos sepulcros antropomorfos que se atoparon alí.
As comunidades relixiosas que a pesar dos ataques normandos se instalaron nestas illas mantiñan un réxime feudal coa poboación, que abandonou o arquipélago a mediados do século XVI, por mor da inseguridade que provocaban os ataques piratas de turcos, tunisianos e ingleses. Entre eles atopábase Francis Drake, que se asañou coa Ría de Vigo e asolou as Cíes.
Por todo isto, este arquipélago foi obxecto de varios plans de fortificación no século XIV, que deron como resultado un almacén de artillería en 1810 no antigo mosteiro de San Estevo, un Cuartel de Carabineiros e un cárcere próximos á praia de Nosa Señora. Estas instalacións proporcionaron unha maior confianza que promoveu a repoboación e a instalación de novas actividades. Sobre 1840 instaláronse dúas fábricas de salgadura: unha onde se sitúa o actual Restaurante de Rodas e outra na Illa Sur. Deste época data tamén o Faro de Cíes (1852) e unha taberna nas proximidades do Lago, que era utilizada como viveiro de lagostas.
A competencia das conserveiras da costa próxima motivou o declive dos salgadoiros e en 1900 quedaron reducidas a almacéns. As Cíes mantiveron unha pequena poboación, orixinaria na súa maioría de Cangas, que foi decaendo ata mediados do século XX. A medida que avanzaba o despoboamento medraba o interese turístico das clases acomodadas, e a partir dos anos '50 comezou o turismo masivo e fíxose necesaria a protección dos valores naturais deste arquipélago, declarado Parque Natural en 1980.
Os primeiros indicios de poboadores en Ons corresponden a asentamentos de cultura castrexa da Idade de Bronce. O máis coñecido, aínda sen escavar, atópase por enriba do barrio de Canexol e coñécese como Castelo dos Mouros. A falta de prospección deste castro déixanos tamén sen rexistro da ocupación romana nas illas, pois adoitaban instalarse nos poboados célticos preexistentes.
A illa de Ons aparece por primeira vez nun documento no ano 899, cando o rei Alfonso III doa a "Illa Aones" ao Cabido Compostelán. A pesar dos ataques vikingos, coñeceuse na illa un mosteiro durante o século XV do que xa non queda evidencia. A súa situación asóciase a un sepulcro antropomorfo que se conserva nun illote na praia de Area dos Cans.
Desde finais do século XVI comezou o asedio de corsarios ingleses e piratas que rematou coa fuxida á costa dos poboadores xa entrados o século XVIII. En 1810 a Xunta Provincial de Armamento e Defensas decidiu fortificar a illa, actuación da que se localizan os restos de dúas fortalezas, unha no barrio de Pereiró da que só quedan algunhas pedras, e outra preto do peirao coñecida como Castelo da Roda. O aumento da seguridade permitiu a repoboación, e instaurouse unha división parcelaria de terreos que o Estado cedía aos insulares para o seu cultivo a cambio dun canon. A recadación destinábase en principio a sufragar as fortificacións e despois pasou a entregarse aos señores da illa.
Nos anos 1835-1840 instalouse a primeira fábrica de salgadura preto do peirao e cambiou a vida dos insulares, que fixeron da pesca a súa actividade económica principal e aumentaron a súa poboación; cando finalmente a empresa pechou, trasladaron á costa a venda das capturas. En 1929, Manuel Riobó comprou a illa e instalou unha sociedade mercantil dedicada ao secado e comercialización de polbo e congro, que motivou que os insulares se especializasen nestas especies. O herdeiro desta sociedade, Didio Riobó, suicidouse ao comezar a Guerra Civil e a illa quedou sen xestión directa. En 1940 o Estado expropiou a illa para defensa nacional, e cando a II Guerra Mundial rematou, a Illa de Ons pasou por distintas administracións do Estado: Instituto Nacional de Colonización, IRYDA, ICONA,…
Durante os anos 40-50 a illa viviu a súa mellor época, con case 500 habitantes a finais dos anos '50. O despoboamento progresivo da illa en apenas 20 anos, por mor da falta dunha mellora das condicións de vida dos insulares, foi da man, ao igual que nas Cíes, do auxe turístico, especialmente importante a partir dos anos '70. Actualmente Ons é a única das Illas Atlánticas que aínda conserva unha poboación estable, aínda que de menos de 20 persoas.
A historia coñecida de Sálvora comeza a finais da Alta Idade Media, na que foi doada por Alfonso II ao Cabido Compostelán. Na Baixa Idade Media a illa empregouse como campamento base de ataques invasores de vikingos, sarracenos...o que fixo imposible unha poboación estable ata que estas loitas cesaron e a calma se impuxo na ría. A Igrexa entregou a illa como coto a Marcos Fandiño Mariño a mediados do século XVI. A administración desta familia baseouse nun réxime feudal no que os poboadores entregaban parte das colleitas e do gando.
Entre 1770-1779 instalouse unha fábrica de secado e salgadura de peixe coñecida como “O Almacén”, e en 1789, unha pesqueira de atún. Estas empresas fixeron que as xentes da costa poboasen a illa. A pesca non estaba suxeita a reparto co amo e era por tanto a súa fonte de ingresos.
En 1820 a herdeira dos Mariño casou con Ruperto Antonio de Otero e así a saga dos Otero converteuse na nova propietaria de Sálvora. O Estado expropiou a illa en 1904 por motivos de defensa nacional, e mantiveron nela unha pequena dotación militar ata 1958. Os poboadores pasaron a ser colonos do Estado sen contraprestacións, o que lles permitiu mellorar a súa vida.
En 1921 as augas próximas viviron o tráxico naufraxio do vapor Santa Isabel. Os que esa noite estaban na illa, mulleres na súa maioría, lanzáronse en dornas ao auxilio dos náufragos. A pesar diso houbo máis de 200 vítimas mortais. Preto do faro, que se inaugurou en decembro dese mesmo ano, unha placa lémbranos o suceso.
Cando o exército se retirou, os antigos propietarios recuperaron a illa mais os habitantes iniciaron o éxodo á costa con motivo das mellores condicións de vida existentes alí. Os últimos en abandonar a illa fixérono a finais dos anos ’70. Mentres, os propietarios instaláronse na antiga factoría "O Almacén", que rehabilitaron como pazo, e fronte ao que se construíu unha escultura en forma de serea que lembra a lenda sobre a orixe da familia dos Mariño.
Ata o momento non se atoparon en Cortegada indicios da cultura castrexa, mais si existen probas do paso da civilización romana, xa que se atoparon varias ánforas nas augas do contorno da illa, aínda que se descoñece se chegaron a asentar nela.
As seguintes referencias sitúannos no século IX, durante a Idade Media, no que consta que o rei Alfonso II doou á Igrexa esta illa que se atopa na ruta marítima-fluvial a Santiago de Compostela. Máis tarde, nos séculos XIV e XV, cando Galicia era un mar de conflitos e estaba asolada pola peste negra, o Santuario de Cortegada foi motivo de grandes peregrinacións.
Desde 1526 a illa foi aforada pola Igrexa e nela construíuse un hospital lazareto. As xentes que se establecen na illa situaron o poboado preto do peirao, incluíndo a ermida e o hospital.
Con motivo do declive económico que sufriu a ría no século XVIII, os concellos de Vilagarcía e Carril decidiron doar Cortegada ao rei Alfonso XIII como lugar para a súa residencia de verán e así revitalizar a economía da ría. O trámite legal de doazón tardou varios anos en facerse definitivo, e en 1910, cando se entregou a escritura, xa estaba en construción o palacio da Magdalena, en Santander. Deste xeito, Cortegada quedou despoboada baixo a vixilancia duns caseiros designados pola Casa Real.
Despois de que durante a República a illa pasase a mans do Estado, que puxo nela un grupo de carabineiros para a súa custodia, en 1958 foi recuperada polos Borbóns, que a venderon á inmobiliaria Cortegada S.A. no '78 con vistas a súa urbanización. Os defensores da súa riqueza natural e paisaxística conseguiron frear a súa actuación, e no ano 2002 incluíuse no Parque Nacional das Illas Atlánticas de Galicia.
Finalmente, en setembro de 2007 a Xunta de Galicia adquiriu a propiedade da illa por medio dunha expropiación, polo que na actualidade a titularidade é xa pública.