Los objetivos del PNCA eran los siguientes:
1. Definir y asegurar los caudales ambientales.
2. Proteger la biodiversidad y los dominios públicos hidráulico y marítimo-terrestre como territorio.
3. Gestionar los dominios públicos hidráulico y marítimo-terrestre para asegurar la calidad y el buen estado de las masas de agua superficiales, subterráneas, de transición y costeras.
4. Garantizar el abastecimiento a las poblaciones.
5. Fomentar la participación pública y asegurar una administración del agua transparente.
6. Potenciar la concentración, cooperación y coordinación interadministrativa para mejorar la dotación y los niveles de servicio a la población.
7. Proteger los derechos de las generaciones actuales y futuras a un agua de calidad y a la conservación de los ecosistemas y del rico y abundante patrimonio natural español.