Vigilancia microbiológica en aguas residuales y aguas de baño como indicador epidemiológico para un sistema de alerta temprana para la detección precoz de SARS-CoV-2 en España

EDAR La China

La vigilancia microbiológica en aguas residuales puede utilizarse como indicador epidemiológico para la detección de la circulación del virus en la población. Las experiencias previas en la utilización de esta herramienta han demostrado su sensibilidad, incluso cuando la prevalencia de la COVID-19 presenta niveles bajos en la población.

Dichas experiencias previas se realizaron, tanto para obtener información sobre los riesgos para los trabajadores en contacto con las aguas residuales, como para comprobar su eficacia en la detección de material genético de SARS-CoV-2 en aguas residuales, y su posible utilización como sistema complementario a la vigilancia sanitaria de los pacientes afectados por la COVID-19.

En base a los resultados obtenidos, se ha puesto en marcha este proyecto de Vigilancia microbiológica en aguas residuales y aguas de baño como indicador epidemiológico para un sistema de alerta temprana para la detección de SARS-CoV-2 en España.

Selección de puntos de muestreo

Actualmente existen varios proyectos en desarrollo a nivel autonómico y local, y a partir de esta experiencia, se desarrolla la nueva red de vigilancia financiada por la Administración General del Estado, nacional, en la que está prevista, en una primera fase, la vigilancia de la concentración del material genético de SARS-CoV-2 en la entrada periódicamente en 30 estaciones de aguas residuales repartidas por toda España y en 10 zonas de baño, complementando a los proyectos en desarrollo por parte de las Comunidades Autónomas y las Entidades Locales.

En relación a la vigilancia de aguas residuales la selección de las ubicaciones de las estaciones de depuración se ha realizado a partir de los criterios que han establecido por el Ministerio de Sanidad en colaboración con el CEDEX y el consenso con las Comunidades Autónomas en función de los siguientes criterios:

  • Distribución geográfica y la relación con otros municipios debido a la movilidad de las personas
  • Incidencia previa de la COVID-19, con mayor influencia en poblaciones grandes y con interacciones importantes dentro de ellas
  • Representatividad de diferentes tipos de población
  • Coordinación con los proyectos en ejecución por las Comunidades Autónomas y Entidades Locales
  • Otros criterios como la representatividad geográfica y climatológica


En relación a la red de vigilancia ambiental en zonas de aguas de baño, en principio está previsto realizar el muestreo en 10 zonas de aguas de baño, durante 3 meses en la temporada de baño, realizando 2 muestreos al mes. En este sentido, se han seleccionado puntos aguas abajo de municipios con afección importante, pero también zonas de aguas de baño que en otras temporadas hayan podido tener incidencias en la calidad del agua debido a un elevado nº de usuarios. Con este criterio, se va a analizar la aparición de material genético de SARS-COV-2 tanto procedente de contaminación fecal, como procedente de la transmisión a través de la población, debido a factores que pudieran no estar controlados. Se consideraron también las características hidromorfológicas y la temperatura.

En este sentido, se tendrían en cuenta las recomendaciones recogidas en el Informe sobre transmisión del SARS-CoV-2 en playas y piscinas del CSIC (Ministerio de Ciencia e Innovación), de 5 de mayo 2020 al objeto de detectar SARS-CoV-2 en agua de ríos y lagos.

Protocolo de seguimiento de SARS-CoV-2 en aguas residuales

Se va a utilizar preferiblemente el “Protocolo de detección de SARS-CoV-2 en aguas residuales (V1.4, Mayo 2020)” basado en el desarrollado por el CDC y descrito en la siguiente publicación, disponible en este enlace:


Como método estándar, este protocolo ha sido desarrollado como consecuencia de la colaboración del Instituto de Agroquímica y Tecnología de Alimentos (IATA) y del Centro de Edafología y Biología Aplicada del Segura (CEBAS), ambos pertenecientes al Consejo Superior de Investigaciones Científicas (CSIC).

Este protocolo considera tanto prácticas para la seguridad del equipamiento del personal como del laboratorio, de acuerdo con el manual de bioseguridad en el laboratorio de la Organización Mundial de la Salud (OMS). El protocolo establece los procedimientos de muestreo, recepción y concentración de muestras de aguas residuales. Se consideran las especificaciones para la extracción y cuantificación de las muestras. Incluye también referencias para el envío de muestras concentradas a otros laboratorios.

Comparabilidad entre laboratorios para las metodologías de muestreo de SARS-CoV-2 en aguas residuales

En la actualidad, se está realizando el muestreo de aguas residuales en varias estaciones depuradoras de aguas residuales en España, para detectar partículas del virus SARS-CoV-2. Esta actividad se está expandiendo a nivel nacional a través del proyecto que se ha puesto en marcha y a nivel regional a través de los sistemas de servicios del agua en todo el territorio.

Se han descrito diferentes métodos para la toma y la concentración de muestras de virus en las aguas residuales. Se considera que existen diversos factores que pueden tener influencia en las técnicas de detección utilizadas posteriormente, como son los indicadores de contaminación fecal o el tipo y volumen de la muestra o las técnicas de concentración.

Por esta razón, se ha planificado desarrollar un ejercicio de intercomparabilidad entre laboratorios como control de calidad, para probar la robustez de los métodos. Está previsto que varios laboratorios experimentados pudieran participar en la evaluación de los métodos de concentración para el análisis de aguas residuales.

Grupo de trabajo sobre vigilancia en aguas de SARS-CoV-2 para coordinación e intercambio de datos

Con fecha 28 de mayo de 2020, tuvo lugar la primera reunión del Grupo de Trabajo sobre Vigilancia en Aguas de SARS-CoV-2, organizado por el Ministerio para la Transición Ecológica y el Reto Demográfico y el Ministerio de Sanidad. En dicho grupo, participaron los representantes de las administraciones hidráulicas y sanitarias tanto a nivel regional como nacional para la coordinación de este proyecto.

Se propone establecer una plataforma de intercambio de información sobre las actividades de seguimiento a nivel nacional y regional que permita compartir los datos y contribuya a un sistema de alerta temprana para la detección precoz de SARS-CoV-2 en España.

Como ejemplo, algunos operadores de servicios del agua han desarrollado algunos proyectos en estaciones de tratamiento de aguas residuales, como en la Región de Murcia, y en sistemas de saneamiento, como en la Comunidad Valenciana:

Reservas Naturales Fluviales 2020

Gestión de los riesgos de inundación

Imágenes cedidas por el CSIC: Alerta temprana COVID-19 en aguas residuales

Alerta temprana COVID-19 en aguas de baño

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