El programa de control de vigilancia tiene los siguientes objetivos:
Subprograma de seguimiento del estado general de las aguas: Permite la evaluación general del estado de las aguas superficiales y de los cambios de tendencia que experimentan esas masas de agua a largo plazo como consecuencia de la actividad antropogénica muy extendida.
Subprograma de referencia: Permite evaluar las tendencias a largo plazo en el estado de las masas de agua debidos a cambios en las condiciones naturales, así como establecer condiciones de referencia específicas para cada tipo de masa de agua.
Subprograma de control de emisiones al mar y trasfronterizas: Permite estimar la carga de contaminante que cruza la frontera española y la que se trasmite al medio marino.