La biodiversidad engloba distintos niveles de organización biológica. De acuerdo con el Convenio sobre la Diversidad Biológica, comprende la diversidad dentro de cada especie, entre las especies, y de los ecosistemas, entendidos estos como complejos dinámicos de comunidades vegetales, animales y de microorganismos y su medio abiótico, que interactúan como una unidad funcional.
El Plan Estratégico del Patrimonio Natural y la Biodiversidad 2011-2017 establece que el Ministerio para la Transición Ecológica y el Reto Demográfico debe aplicar y mantener un sistema de seguimiento de la biodiversidad a escala estatal. Esto incluye a los tipos de hábitat naturales (‘zonas terrestres o acuáticas diferenciadas por sus características geográficas, abióticas y bióticas, tanto si son enteramente naturales como seminaturales’, según la definición dada por la Ley 42/2007) como sistemas ecológicos definidos en una determinada escala espacial y funcional del ecosistema.
El Ministerio ha desarrollado para ello unas metodologías para el seguimiento del estado de conservación de los tipos de hábitat, como contribución científico-técnica para el diseño e implantación de un sistema de seguimiento de los tipos de hábitat en España que permita obtener la información necesaria para evaluar, de forma periódica, y diagnosticar su estado de conservación a escala estatal.
Un resumen general puede encontrarse en el manual para el seguimiento del estado de conservación de los tipos de hábitat en España (y en su versión en inglés).