Vigilancia microbiológica en aguas residuales y aguas de baño como indicador epidemiológico para un sistema de alerta temprana para la detección precoz de SARS-CoV-2 en España

VATar COVID-19

La vigilancia microbiológica en aguas residuales puede utilizarse como indicador epidemiológico para la detección de la circulación del virus en la población. Las experiencias previas en la utilización de esta herramienta han demostrado su sensibilidad, incluso cuando la prevalencia de la COVID-19 presenta niveles bajos en la población.

Dichas experiencias previas se realizaron, tanto para obtener información sobre los riesgos para los trabajadores en contacto con las aguas residuales, como para comprobar su eficacia en la detección de material genético de SARS-CoV-2 en aguas residuales, y su posible utilización como sistema complementario a la vigilancia sanitaria de los pacientes afectados por la COVID-19.

En base a los resultados obtenidos, se ha puesto en marcha este proyecto de Vigilancia microbiológica en aguas residuales y aguas de baño como indicador epidemiológico para un sistema de alerta temprana para la detección de SARS-CoV-2 en España.

Selección de puntos de muestreo

Actualmente existen varios proyectos en desarrollo a nivel autonómico y local, y a partir de esta experiencia, se desarrolla la nueva red de vigilancia financiada por la Administración General del Estado, nacional, en la que está prevista, en una primera fase, la vigilancia de la concentración del material genético de SARS-CoV-2 en la entrada periódicamente en 30 estaciones de aguas residuales repartidas por toda España y en 10 zonas de baño, complementando a los proyectos en desarrollo por parte de las Comunidades Autónomas y las Entidades Locales.

En relación a la vigilancia de aguas residuales la selección de las ubicaciones de las estaciones de depuración se ha realizado a partir de los criterios que han establecido por el Ministerio de Sanidad en colaboración con el CEDEX y el consenso con las Comunidades Autónomas en función de los siguientes criterios:

  • Distribución geográfica y la relación con otros municipios debido a la movilidad de las personas
  • Incidencia previa de la COVID-19, con mayor influencia en poblaciones grandes y con interacciones importantes dentro de ellas
  • Representatividad de diferentes tipos de población
  • Coordinación con los proyectos en ejecución por las Comunidades Autónomas y Entidades Locales
  • Otros criterios como la representatividad geográfica y climatológica


En relación a la red de vigilancia ambiental en zonas de aguas de baño, en principio está previsto realizar el muestreo en 10 zonas de aguas de baño, durante 3 meses en la temporada de baño, realizando 2 muestreos al mes. En este sentido, se han seleccionado puntos aguas abajo de municipios con afección importante, pero también zonas de aguas de baño que en otras temporadas hayan podido tener incidencias en la calidad del agua debido a un elevado nº de usuarios. Con este criterio, se va a analizar la aparición de material genético de SARS-COV-2 tanto procedente de contaminación fecal, como procedente de la transmisión a través de la población, debido a factores que pudieran no estar controlados. Se consideraron también las características hidromorfológicas y la temperatura.

En este sentido, se tendrían en cuenta las recomendaciones recogidas en el Informe sobre transmisión del SARS-CoV-2 en playas y piscinas del CSIC (Ministerio de Ciencia e Innovación), de 5 de mayo 2020 al objeto de detectar SARS-CoV-2 en agua de ríos y lagos.

Están disponibles para su descarga, los listados de las estaciones de depuración de aguas residuales y las zonas de baño seleccionadas en el proyecto estatal:

Localizaciones del proyecto estatal para la vigilancia de la alerta temprana del COVID19 en aguas residuales (Haga clic para ampliar)

Protocolo de seguimiento de SARS-CoV-2 en aguas residuales

Se propone utilizar preferiblemente el “Protocolo para la detección de SARS-CoV-2 en aguas residuales. VIARAL-CSIC”, cuya última versión puede consultarse en el siguiente link:


Como método estándar, el “Protocolo para la detección de SARS-CoV-2 en aguas residuales. VIARAL-CSIC” ha sido desarrollado como consecuencia de la colaboración del Instituto de Agroquímica y Tecnología de Alimentos (IATA) y del Centro de Edafología y Biología Aplicada del Segura (CEBAS), ambos pertenecientes al Consejo Superior de Investigaciones Científicas (CSIC).

Este protocolo considera tanto prácticas para la seguridad del equipamiento del personal como del laboratorio, de acuerdo con el manual de bioseguridad en el laboratorio de la Organización Mundial de la Salud (OMS). El protocolo establece los procedimientos de muestreo, envío y recepción, así como concentración y extracción de muestras de aguas residuales. Se consideran las especificaciones para la detección y cuantificación de las muestras. Incluye también los criterios para la interpretación de los resultados y la cuantificación de las muestras positivas.

Comparabilidad entre laboratorios para las metodologías de muestreo de SARS-CoV-2 en aguas residuales

En la actualidad, se está realizando el muestreo de aguas residuales en varias estaciones depuradoras de aguas residuales en España, para detectar partículas del virus SARS-CoV-2. Esta actividad se está expandiendo a nivel nacional a través del proyecto que se ha puesto en marcha y a nivel regional a través de los sistemas de servicios del agua en todo el territorio.

Se han descrito diferentes métodos para la toma y la concentración de muestras de virus en las aguas residuales. Se considera que existen diversos factores que pueden tener influencia en las técnicas de detección utilizadas posteriormente, como son los indicadores de contaminación fecal o el tipo y volumen de la muestra o las técnicas de concentración.

Por esta razón, se ha planificado desarrollar un ejercicio de intercomparabilidad entre laboratorios como control de calidad, para probar la robustez de los métodos. Está previsto que varios laboratorios experimentados pudieran participar en la evaluación de los métodos de concentración para el análisis de aguas residuales.

Grupo de trabajo sobre vigilancia en aguas de SARS-CoV-2 para coordinación e intercambio de datos

En el Grupo de Trabajo sobre Vigilancia en aguas de SARS-CoV-2, organizado por el Ministerio para la Transición Ecológica y el Reto Demográfico y el Ministerio de Sanidad, participan los representantes de las administraciones hidráulicas y sanitarias tanto a nivel regional como nacional para la coordinación de este proyecto.

En la tercera reunión del grupo de trabajo, celebrada con fecha 17 de septiembre de 2020, se pudo nuevamente contar con la presencia del profesor Albert Bosch de la Universidad de Barcelona que presentó los avances desde la perspectiva de los laboratorios en el desarrollo del protocolo, en base a las diferencias observadas según los procedimientos de laboratorio utilizados. Constituye el objetivo alcanzar un método robusto, considerando la complejidad de las muestras de aguas residuales.

En la segunda reunión de grupo de trabajo, celebrada con fecha 8 de julio de 2020, destacó la ponencia presentada por el profesor Albert Bosch de la Universidad de Barcelona. En ella expuso las bases científicas para el análisis de la contaminación ambiental por enterovirus en aguas, refiriéndose también a las publicaciones recientes relativas a SARS-CoV-2. Explicó con detalle las diferentes aproximaciones en las técnicas metodológicas utilizadas por los laboratorios que están participando en el proyecto y la valoración que se está realizando para acordar un protocolo común. 

En la primera reunión del grupo de trabajo, celebrada con fecha 28 de mayo de 2020, se explicaron las bases científicas para el control del SARS-CoV-2 por parte de la investigadora Gloria Sánchez del CSIC. También presentaron sus experiencias algunos operadores de servicios del agua, como algunos proyectos desarrollados en estaciones de tratamiento de aguas residuales, en la Región de Murcia, y otros en sistemas de saneamiento, como en la Comunidad Valenciana.

Se propuso establecer una plataforma de intercambio de información sobre las actividades de seguimiento a nivel nacional y regional que permita compartir los datos y contribuya a un sistema de alerta temprana para la detección precoz de SARS-CoV-2 en España.

Las presentaciones de las reuniones del grupo de trabajo están disponibles para descarga en los siguientes enlaces:

Plataforma de debate del proyecto VATar-COVID-19

El CEDEX proporciona soporte a la plataforma de debate habilitada con el fin de facilitar la puesta en común de los conocimientos y experiencias de los distintos estudios en marcha. En dicha plataforma, los expertos, técnicos y científicos que estén trabajando en la recopilación de información para vigilancia ambiental del SARS-CoV-2, podrán debatir e intercambiar procedimientos, documentación, dudas, opiniones, experiencias, etc.

Se puede acceder a la plataforma de debate de vigilancia ambiental COVID-19, reservada a profesionales en la materia. Para solicitar el acceso al foro se debe remitir un correo indicando el nombre y apellidos, el correo corporativo y la Organización/Empresa, a la siguiente dirección de correo electrónico.

Imágenes cedidas por el CSIC: Alerta temprana COVID-19 en aguas residuales

Alerta temprana COVID-19 en EDAR

Alerta temprana COVID-19 en aguas de baño

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