La Reserva Natural Fluvial Arroyo del Puerto de los Negros es representativa de los ríos mineralizados mediterráneos de baja altitud. Presenta un buen estado ecológico y se caracteriza por la ausencia de presiones antrópicas dentro de su cuenca.
Presenta una morfología fluvial singular en la que se suceden riscos cortados y pequeñas paredes que encajonan los valles de los cauces, lo que da lugar a un gran contraste de paisajes en su recorrido.
Entre la vegetación riparia presente en la reserva predominan los sauces y el acebuchal, acompañados por grandes eucaliptos (frutos de antiguas repoblaciones en la zona), junto con la vegetación propia del monte mediterráneo: bosquetes de quejigos y alcornoques, pastizales y dehesas.