Para la depuración de las aguas residuales generadas en las aglomeraciones de Arrecife, Playa Honda, El Cable y San Bartolomé se dispone de una Estación Depuradora de Aguas Residuales (EDAR), denominada Arrecife II, que lleva en funcionamiento desde el año 2003.
La EDAR soporta frecuentemente caudales medios de entrada próximos a los de diseño, pero con caudales punta que lo superan ampliamente. La entrada de agua se concentra en franjas horarias. A ello se suma que, en determinadas épocas del año, la carga entrante es superior a la que fue adoptada en el diseño.
En algunas ocasiones (3-4 veces al año), caudales salinos. Cuando la conductividad del agua, medida a la entrada, supera los 6000 μS/cm, no se deja que esa agua pase a los reactores biológicos para no comprometer ni su funcionamiento ni la posibilidad de reutilización de los caudales depurados. Cuando la conductividad desciende de 5000 μS/cm, se reintegra el agua al ciclo de depuración completo. En este tipo de situaciones, al agua se le aplica el pretratamiento (desarenado y desengrasado) y la decantación primaria, que son tratamientos que no se ven afectados por la salinidad.
Todos estos hechos provocan que en ocasiones resulte muy complicado depurar correctamente el agua residual poniendo en riesgo la producción de agua para riego. Respecto al agua regenerada no presenta problemas para alcanzar el caudal que se demanda a la planta para riego y otros usos.
Por ese motivo el antiguo Ministerio de Agricultura y Pesca, Alimentación y Medio Ambiente (MAPAMA) licitó la redacción del proyecto de la Estación Depuradora de Aguas Residuales (EDAR) de Arrecife (Lanzarote) y mejora del tramo terrestre de emisario submarino.
Por otro lado, el emisario de Puerto Naos se interna en el mar en el Islote del Francés, justo al sur de las infraestructuras portuarias del Puerto de Arrecife y en el borde del núcleo urbano de Arrecife. El emisario arranca en la depuradora (o EDAR) de Arrecife II, que se ubica tierra adentro en la zona denominada Vega de Yágamo, al sur de Montaña Mina y afectando a terrenos del municipio de Arrecife y de San Bartolomé, por lo que el tramo terrestre del emisario tiene varios kilómetros de longitud (más de cinco) y atraviesa el núcleo urbano de Arrecife para llegar a la costa. Se reacondiciona el emisario para las nuevas adaptaciones de la legislación vigentes desde la creación del mismo.
Por último, la actuación de obra complementaria consiste, en la adaptación de las obras propuestas en el proyecto complementario primitivo necesarias para el traslado de la Estación de Bombeo de Aguas Residuales de la calle Portugal a un nuevo emplazamiento situado junto al edificio del Cabildo Insular de Lanzarote, para lo que se requieren unas obras consistentes en by-pass de la antigua Estación de bombeo de la calle Portugal, nueva Estación de Bombeo y nueva tubería de impulsión desde la nueva Estación de Bombeo hasta la antigua Estación Depuradora de Aguas Residuales de Arrecife.