Los "Estanyols del Pla d’Estanyets" son un conjunto de lagunas temporales de tamaño diverso, dispersas en una zona llana y ligeramente deprimida, junto a la punta del Cap de Creus. Su inundabilidad depende de la pluviometría, y el número de lagunas puede variar en función del volumen de agua acumulada, que puede unir varias cubetas cuando alcanza su máximo. El hidroperíodo de las lagunas es extremadamente variable y depende principalmente del tamaño de cada estanque. Este hecho condiciona el desarrollo de comunidades animales y vegetales acuáticas en algunos de los estanques. La laguna más grande, en momentos de máxima inundación, puede alcanzar el medio metro de profundidad.
Parece que las lagunas del este se inundan con más facilidad que las del oeste, mostrando agua tras episodios de lluvia de baja intensidad. El número de lagunas o lagunas inundables dentro de la RNL es incierto. El Instituto Cartográfico y Geológico de Cataluña identifica 13, aunque sobre el terreno y después de episodios de lluvia pueden observarse varias más, algunas de tamaño considerable.
La vegetación terrestre de esta zona se caracteriza por formaciones de pequeños juncos y otras plantas anuales. Cabe destacar la presencia de varios hábitats de interés comunitario (HIC), entre los que destacan los hábitats húmedos 3170 y 6420, correspondientes a lagunas y lagunas temporales mediterráneas, y juncales y herbazales graminoides húmedos mediterráneos, respectivamente. Destacan las especies Juncus pygmaeus, Juncus bufonius, Juncus compressus y Eleocharis palustres, todas ellas típicas de ambientes acuáticos temporales. Al alejarse de las lagunas, la vegetación se transforma en matorral mediterráneo. En estos entornos se encuentran especies como Armeria ruscinonensis y probablemente también Seseli farrenyi, cuyo núcleo poblacional más grande se sitúa a menos de 100 metros de la zona. En cuanto a la vegetación acuática, destaca la presencia de caráceas (Chara sp.) y del hidrófito Baldellia ranunculoides. El carrizo (Phragmites australis) es predominante en muchas de las lagunas. La baja pluviometría y la escasez de ambientes de este tipo en la zona hacen de este conjunto de "Estanyols del Pla d’Estanyets" un espacio muy valioso para la fauna acuática de la región. Destaca la presencia del crustáceo anostráceo Tanymastix stagnalis y de ocho especies de coleópteros acuáticos, entre otros macroinvertebrados. Las únicas especies de anfibios citadas son el sapo corredor (Epidalea calamita), especie especializada en reproducirse en lagunas de hidroperíodo especialmente corto, y la ranita meridional (Hyla meridionalis). El espacio también constituye un punto de parada para aves migratorias.
La reserva está atravesada por la carretera del faro. Al sur también discurre el sendero GR11. A pesar de tratarse de una Reserva Natural Integral de acceso restringido, no es extraño que personas accedan a llas lagunas desde la carretera o los senderos de la zona.