Los 11 estanques que conforman esta reserva se encuentran distribuidos en la mitad sur del término municipal de Sant Climent Sescebes y separados en diferentes polígonos, la mayoría de los cuales engloban el perímetro de la zona inundable. Solo los estanques de Torlits, con 6 unidades lacustres, conforman un único polígono que engloba los estanques y la matriz que los rodea. Este polígono se encuentra íntegramente dentro de la base militar y tiene el acceso restringido, lo que le confiere un cierto grado de protección. No obstante, se ha detectado la entrada de ganado no controlado en zonas próximas a los estanques y el paso de vehículos pesados del ejército por el interior de alguno de ellos. El resto de estanques presentan estados de conservación diversos, y en algunos se ha detectado el acceso regular de ganado bovino, el cual erosiona, compacta y nitrifica el terreno, alterando sus características y la posibilidad de albergar especies de flora propias de estanques oligotróficos. En algunos estanques se han ejecutado obras para disminuir el impacto de la carretera GI-602, que pasa cerca o incluso por el interior de la cubeta inundable.
Todos los estanques pueden presentar lámina de agua en algún momento, aunque las diferencias de tamaño hacen que presenten hidropériodos diferenciados. Este hecho confiere una diversidad de ambientes que favorece el desarrollo de unas u otras comunidades florísticas y faunísticas. Estos estanques forman parte del complejo sistema de lagunas y prados húmedos del piedemonte de la Albera, cuyas aguas afloran por fisuras y fallas locales del sustrato granítico de la zona, provenientes de infiltraciones ocurridas en las partes altas del macizo. Parte del agua también puede provenir de escorrentías superficiales.
El excepcional estado de conservación de estos 11 estanques ha favorecido el desarrollo de hasta 6 Hábitats de Interés Comunitario (HIC), entre los que destacan los HIC 3170, 3120 o 3130, correspondientes a: lagunas temporales mediterráneas, aguas estancadas oligotróficas muy poco mineralizadas, con Isoetes spp., en terrenos generalmente arenosos del Mediterráneo occidental, o aguas estancadas, poco o muy mesotróficas, con vegetación de las clases Littorelletea uniflorae y/o Isoeto-Nanojuncetea, respectivamente.
Pueden encontrarse especies botánicas de gran interés, como Marsilea strigosa, Isoetes delilei, Isoetes longissima, Utricularia australis o Cardamine parviflora, entre otras. También anfibios como el tritón jaspeado (Triturus marmoratus), el sapo de espuelas (Pelobates cultripes), la ranita meridional (Hyla meridionalis) o el sapo corredor (Epidalea calamita). En períodos de inundación pueden ser ocupados por el galápago leproso (Mauremys leprosa). También presentan una gran riqueza de invertebrados acuáticos, con especies de crustáceos branquiópodos y copépodos, así como insectos como coleópteros y odonatos, entre los que destaca la libélula azul (Aeshna affinis).
Ornitológicamente, los estanques de Torlits, Cardonera, Pous, Massot i Serra-Seguer (al igual que otros estanques de la Albera) son un punto importante de parada durante las rutas migratorias, sobre todo durante los días de tramontana, además de formar parte del área de campeo de diversas especies de interés comunitario incluidas en el anexo I de la Directiva Aves (2009/147/CE). Así, destacan la cigüeña blanca (Ciconia ciconia), el águila perdicera (Aquila fasciata) o el aguilucho cenizo (Circus pygargus).