La población de los municipios de la Reserva acumula casi la mitad de la provincia de Huelva, unos 200.000 habitantes. La mayor parte pertenece a Huelva capital.
Entre los impactos negativos cabe destacar la contaminación hídrica y atmosférica, la presión urbanística perimetral y los cambios de uso en las cuencas vertientes.
Punta Umbría presenta un gran interés turístico. Sus playas, unidas a la gastronomía, hacen de ella un destino atractivo al que se le añade el valor de la cercanía a la Reserva, que hasta hace unos años no se incluía dentro de esta oferta turística. En Aljaraque se está desarrollando un gran Parque Científico y Tecnológico a orillas de esta Reserva, dedicado, entre otros temas, a la investigación en energías renovables. Gibraleón aporta la riqueza de sus acontecimientos culturales y bosques.
La ciudad de Huelva, durante mucho tiempo, no ha aprovechado suficientemente la cercanía de la Reserva, pero en los últimos años ha establecido una relación más directa y participativa en los programas ejecutados.
Actividad económica
Dentro de la Reserva se llevan a cabo algunas actividades productivas, la principal y que ocupa una extensión importante de superficie es la explotación salinera. También queda en funcionamiento una salina tradicional en la Isla de Bacuta y existe una parcela de acuicultura ubicada en los terrenos de una antigua salina tradicional. El marisqueo y la pesca se mantienen y experimentan un auge en etapas de declive económico. A estas actividades se une el potencial turístico que tiene la zona, donde está tomando especial importancia el turismo de naturaleza y, sobre todo, el ornitológico.