Los estudios científicos realizados en Doñana y en particular, los seguimientos que realizan la Estación Biológica de Doñana (EBD- CSIC) y la Confederación Hidrográfica del Guadalquivir (CHG) en el espacio natural y su área de influencia evidencian tendencias negativas y preocupantes en el hidroperiodo de la marisma y las lagunas, en el estado -ecológico, cuantitativo y químico-de las masas de agua superficiales y subterráneas, en la calidad química del agua tanto subterránea como superficial y en la biodiversidad.
Según el Plan Hidrológico de la Demarcación del Guadalquivir, tres de las cinco masas de agua subterránea (La Rocina, Almonte y Marismas) que forman el acuífero de Doñana se han declarado en riesgo de no alcanzar un buen estado cuantitativo. Esto, entre otras cosas, se refleja en una reducción de la superficie de marisma que se inunda, que lo hace cada vez más tarde y durante menos tiempo.
Todo ello impacta directa y negativamente a la biota, sobre todo a aquella dependiente en mayor o menor medida de la presencia de agua, que ve sus hábitats reducirse, empeorar y en algunos casos desaparecer. Por ejemplo, la abundancia de doce de las quince especies de aves acuáticas de la familia de las anátidas que se estudian desde hace casi 40 años ha ido en descenso.
Las poblaciones de peces nativos también se encuentran en declive y restringidas a La Rocina, donde se mantiene el flujo de agua, mientras que los peces exóticos van en aumento y son especialmente abundantes en la marisma. Nuevas especies exóticas de plantas y de fauna se siguen contabilizando y otras presentes desde hace tiempo han aumentado su área de invasión, como la hormiga argentina. Los árboles catalogados como singulares, la mayoría alcornoques, muestran mortandades elevadas y estados fitosanitarios deficientes. Respecto a los hábitats de interés comunitario, como son las lagunas temporales, se observa una progresiva expasión de matorrales y pérdida de especies acuáticas.
Esta situación ha sido reconocida y advertida por instancias internacionales y comunitarias, como el Tribunal de Justicia de la Unión Europea (sentencia de 24 de junio de 2021, asunto C-559/19) o las Misiones de Asesoramiento de Ramsar y de la UNESCO (2023), que han instado a la adopción de medidas urgentes y efectivas para revertir la sobreexplotación del acuífero y garantizar la conservación de este patrimonio natural.
Asimismo, en el plano socioeconómico, los datos demográficos del área de influencia indican vulnerabilidades sociales, económicas y laborales, como precariedad en las condiciones de las personas trabajadoras temporeras, riesgos de exclusión social y brechas de género, que contribuyen a los desequilibrios y el deterioro del socioecosistema que es Doñana.