La implantación del EMAS en una empresa u organización contempla las siguientes etapas:
1) Existe un compromiso por parte de la alta dirección de la organización por el cual se asume la intención de corregir, adecuar y mantener una política organizativa que incorpore el factor medioambiental como parte clave en su estructura.
2) Se realiza un diagnóstico medioambiental, en el cual se identifican varios aspectos, entre otros, el grado de cumplimiento de la legislación vigente, y se evalúan los efectos e impactos ambientales derivados de las actividades de la organización.
3) Se implanta un sistema de gestión medioambiental, se realiza la auditoría por un verificador ambiental independiente y finalmente, se elabora una declaración medioambiental que debe estar a disposición del público para que cualquiera pueda comprobar la veracidad de esa información.
Las solicitudes para la inscripción en el registro EMAS de organizaciones ubicadas en una Comunidad Autónoma se presentarán al organismo competente de esa Comunidad Autónoma.
El Ministerio a través de la Secretaria de Estado de Medio Ambiente será quien registre las organizaciones de los países de fuera de la Unión Europea, en estos dos casos: