El río Cenia constituye un ejemplo representativo de los ríos mineralizados de baja montaña mediterránea. El régimen hidrológico es pluvial mediterráneo, estacional, con tramos permanentes y sin alteración, condicionado por la irregularidad de las precipitaciones y la torrencialidad del régimen de caudales.
El curso del río, confinado y sinuoso, discurre por un desfiladero rocoso de origen kárstico de gran valor paisajístico y faunístico. Presenta un lecho constituido por cantos y grandes bloques de piedra. Esto dota al rio de una gran diversidad en su estructura longitudinal, con saltos, pozas, rápidos, remansos, gradas, tablas y rampas, lo que configura una variada y singular morfología.
Las riberas están ocupadas mayoritariamente por vegetación zonal, en las situaciones en las que aparece vegetación riparia, ésta está representada por la sauceda negra bético-levantina con fresnos dispersos.
El sistema fluvial constituye un hábitat potencial de múltiples especies que pueden ser esenciales para el proceso de diagnóstico del estado de las masas de agua, y constituye un hábitat importante para el mantenimiento de las poblaciones de peces autóctonos reófilos propios de la zona, permitiendo su reproducción y crecimiento.