La Reserva Natural Fluvial Alto Guadarranque es representativa de los ríos de las serranías béticas húmedas. Su fondo del valle discurre por distintas litologías lo que dota a esta Reserva de una morfología fluvial singular, en la que se aprecia marcadamente la variación de la formación vegetal riparia a lo largo del cauce.
Entre sus formaciones riparias destacan las alisedas, bajo las que aparecen diversos helechos, adelfas y zarzas.
Su estado ecológico es bueno, lo que resulta coherente con la ausencia de presiones antrópicas dentro de su cuenca.
La Reserva consta de dos tramos iniciales: uno en el Puerto de los Libros donde nace el Río Guadarranque; y el otro en la confluencia del Arroyo del Marqués con el Arroyo de la Cierva, la Garganta de las Arenas de Maldía y el Canuto del Agua. El punto final de la Reserva se localiza unos metros antes de la confluencia del Río Guadarranque con el embalse que lleva su mismo nombre.