El río Urbelcha constituye un ejemplo representativo de los ríos de montaña húmeda calcárea. El régimen hidrológico es nivopluvial, permanente, y conserva sus características naturales.
El curso del río discurre en buena parte de su recorrido por desfiladeros de bordes abruptos modelados sobre el sustrato calizo y dolomítico. En el fondo de los valles se desarrolla, en amplias superficies, una formación de hayedo-abetal que atraviesa el cauce con un trazado prácticamente recto y confinado. Su lecho está formado principalmente por bloques, presentando alternancia de rápidos y saltos con pozas y remansos, así como rápidos continuos.
La vegetación riparia está constituida por una mimbrera calcófila pirenaico-cantábrica con un alto grado de naturalidad, caracterizada por integrar un alto número de especies eurosiberianas como el fresno excelso (Fraxinus excelsior) o el sauce cabruno (Salix caprea).
El sistema fluvial carece de presiones o amenazas que alteren su estado natural, manteniendo por tanto un excelente estado de conservación.